Tại Nga, SA-6 đã được thay thế bằng các hệ thống tên lửa đối không hiện đại hơn như Hệ thống tên lửa Buk-M1/2/3. Nhưng bên cạnh đó, nhiều quốc gia vẫn tiếp tục duy trì SA-6 trong biên chế quân đội. Do vậy, Nga cùng với Cộng hòa Séc vẫn giới thiệu các gói nâng cấp dành cho SA-6, mang lại một năng lực tác chiến mới cho hệ thống này nhằm hướng tới mục đích xuất khẩu.

Nga đã giới thiệu gói nâng cấp tổng thể cho SA-6 bao gồm, nâng cấp máy tính điều khiển, khả năng kháng nhiễu của hệ thống, đặc biệt đề xuất trang bị đầu dò radar chủ động 9B-1103M-350 của tên lửa AA-12 Adder cho tên lửa 9M9, cung cấp khả năng khóa mục tiêu có diện tích phản hồi radar RCS 5m2 ở cự ly 40 km.

Cộng hòa Séc đề xuất nâng cấp phần cứng và phần mềm cho radar 1S91 với khả năng phát sóng kỹ thuật số, cung cấp độ nhạy 75 dB, radar sau nâng cấp có khả năng phát sóng ngắt quãng giúp hệ thống đối phó hiệu quả với các tên lửa chống radar kiểu Shrike.

Hungary đưa ra một gói nâng cấp nhỏ là trang bị bổ sung thêm hệ thống tìm kiếm chỉ thị mục tiêu quang - hồng ngoại WZU-2 hoạt động bất kể ngày đêm. WZU-2 được lắp bên cạnh radar chiếu rọi mục tiêu 1S31 (thuộc đài điều khiển 1S91). Buồng điều khiển được bổ sung thêm màn hình hiển thị kỹ thuật số cung cấp các dữ liệu về mục tiêu do hệ thống quang - hồng ngoại thu được, mang lại khả năng tấn công mục tiêu trong điều kiện đêm tối hoặc trong trường hợp radar điều khiển hỏa lực bị gây nhiễu nặng. Ngoài ra, các thành phần hệ thống (radar, tên lửa) của 2K12 Kub vẫn giữ nguyên.

Cộng hòa Czech đưa ra một gói nâng cấp khác chủ yếu tập trung vào radar điều khiển hỏa lực. Gần như toàn bộ đài điều khiển hỏa lực 1S91 đã được nước này thiết kế lại, với cái tên dài hơn 1S91SURN CZ, được chuyển sang sử dụng công nghệ bán dẫn, các tần số hoạt động đều được thay đổi. Hệ thống hoạt động dựa trên nền tảng kỹ thuật số hoàn toàn trong phát hiện, bám bắt và chiếu xạ mục tiêu dẫn hướng cho tên lửa. Buồng điều khiển hiện đại với 2 màn hình hiển thị kỹ thuật số cung cấp đầy đủ các tham số về mục tiêu. Ê kíp chiến đấu giảm xuống chỉ còn 3 người. Hệ thống sau nâng cấp sử dụng đạn tên lửa đối không 3M9M với tầm bắn tăng lên 35 km, tầm cao 20 km.

Năm 2011, Nga đã giới thiệu gói nâng cấp mới cho SA-6 của Ai Cập bao gồm bổ sung kênh theo dõi và dẫn hướng quang học, nâng cấp radar và hệ thống kiểm soát bắn, thay thế tên lửa 3M9 bằng tên lửa 9M317E. Tính năng của hệ thống sau nâng cấp như sau:

• Số mục tiêu theo dõi tăng từ 6 lên 12 mục tiêu
• Hệ thống có khả năng theo dõi và phân loại các mục tiêu trên không như máy bay, trực thăng, tên lửa hành trình, cũng như các mục tiêu trên không khác.
• Các màn hình LCD độ phân giải cao thay thế cho các đồng hồ số cung cấp một cái nhìn toàn cảnh về mục tiêu và các hệ thống liên quan.
• Hệ thống kiểm soát bắn với bộ vi xử lý kỹ thuật số có khả năng dẫn hướng cho hai tên lửa tấn công hai mục tiêu riêng biệt cùng lúc.
• Trang bị tên lửa 9M317E (biến thể xuất khẩu của tên lửa 9M317 thuộc hệ thống Buk-M2) với tầm bắn hiệu quả tăng từ 4–25 km tới 3–42 km, tầm cao hiệu quả tăng từ 300m-14 km lên 150m-25 km. Tốc độ của tên lửa tăng từ 600m/giây lên 1.200m/giây, khả năng hứng chịu ứng suất trọng trường của tên lửa tăng từ 7-8g lên 10-21g, xác suất tiêu diệt mục tiêu tăng lên đến 95%. Khối lượng tên lửa tăng từ 670 kg lên 720 kg, khối lượng đầu đạn từ 57 kg lên 70 kg.

Nhìn chung tính năng của SA-6 sau khi nâng cấp theo tiêu chuẩn trên đạt khả năng tương đương với hệ thống tên lửa Buk-M1.